公益通報したことを理由として、解雇等の不利益な取扱いをすることは法で禁止されています。

事業者内部での通報処理の仕組みを整備するに当たっては、まず通報を受け付ける窓口を設置し、労働者に広く周知する必要があります。また、ある行為が法令違反行為に該当するか否か、どのような手続きで通報が処理されるのかなどの質問を受け付ける相談窓口を設置することも必要です。なお、これらの通報窓口と相談窓口は、併せて設置・運営することも可能です。

通報処理を行うに当たっては、通報者や通報の対象となった者（被通報者）の個人情報を取扱うことになります。情報を共有する範囲を限定するなど、通報処理に従事する者に個人情報の保護を徹底させることが必要です。

通報の処理状況を通報者へ伝えることは、通報者の通報窓口への信頼を確保するためにも必要と考えられます。そのため、ガイドラインでは、通報の処理状況に応じて、例えば、調査を行うか否かに加え、調査結果、是正結果などを通知するよう努めることとしています。